Бластим: курсы и работа в биотехе 🕘 история названий (1)

🗓 Закрываем неделю предобучения и говорим про Oxford Nanopore Мы всегда стараемся собирать в программе наших курсов то, что действительно необходимо в современной науке и биотехе. А еще внимательно прислушиваемся к вашим пожеланиям. Так, в предыдущем запуске «Анализа NGS-данных» мы добавили в программу целый новый блок по Oxford Nanopore Technologies (ONT). Нанопор уже не экзотика, а важная часть геномики. Поэтому понимание принципов этой технологии становится такой же базой, как и знакомство с другими подходами к секвенированию. ▶️ Сегодня предлагаем разобраться, как работают приборы ONT и в чем особенности этого метода. Поговорим о: • возможностях технологии для анализа ДНК и РНК • реальных примерах применения в научных исследованиях и медицине Спикер — Владислав Бабенко, научный сотрудник лаборатории геномных исследований и вычислительной биологии ФГБУ ФНКЦ ФМБА. И отдельное спасибо тем, кто ответственно выполняет ДЗ! Мы все проверяем и готовим вам подарки. Регистрация в личном кабинете для доступа ко всем бесплатным урокам здесь: https://agency.blastim.ru

🔔 Третье занятие недели бесплатного предобучения по курсу «Анализ NGS-данных» уже доступно На этот раз поговорим о том, как убедиться, что перед вами именно те образцы, с которыми вы планировали работать. Тема: «Современные подходы к генетическому фингерпринтингу в NGS: от SNP-типирования до внешнего контроля» Разберем: • SNP-фингерпринтинг в NGS • внешний контроль: Spike-in, ДНК-чипы и STR • контроль качества и обнаружение контаминации с помощью FASTQC, GATK и CalculateContamination Спикер — Алексей Зарубин, преподаватель нашего полного курса «Анализ NGS-данных», кандидат медицинских наук по специальности «медицинская генетика» и врач-биохимик. И в этом еще один приятный бонус предобучения: вы не только получаете полезные материалы, но и заранее узнаете наших лекторов. Можно легко оценить, как они объясняют сложные темы, и понять, хотите ли вы продолжить обучение вместе с нами. ➕ у нас есть классное интервью с Алексеем «10 вопросов биоинформатику» А чтобы получить доступ к этому и предыдущим урокам, зарегистрируйтесь в личном кабинете, если еще этого не сделали: https://agency.blastim.ru

🏝 Job of the Day: Bioinformatician / PostDoc MBZUAI is ranked among the top 10 universities globally in computational biology and core AI fields, according to CSRankings. Currently, MBZUAI is looking for a Bioinformatician (PostDoc) to join a project studying neurodegeneration at single-cell resolution. The project aims to identify the cellular changes that drive disease and detect them across the wider patient population. The project combines unique, deeply characterised patient tissue profiled with purpose-built assays, large public single-nucleus atlases of the human brain, and advanced AI/ML methods — building transfer-learning models that recover disease signatures in data where the underlying measurement was never made. A rare opportunity to work at the intersection of single-cell genomics, machine learning, and translational neuroscience. Required qualifications: • Master's degree or PhD in Bioinformatics, Computational Biology, Machine Learning, or a related field • Strong programming skills in Python and R • Experience with high-performance computing (HPC) environments and the Linux command line • Demonstrated experience with single-cell data formats and tools (Cell Ranger, Scanpy, Seurat) and knowledge of standard single-cell workflows • Demonstrated experience building and evaluating machine-learning models on high-dimensional data • Experience with deep learning frameworks (PyTorch, TensorFlow) and single-cell representation learning (e.g., scVI, transfer learning, single-cell foundation models) Key responsibilities: ➤ Process single-cell and single-nucleus RNA-seq data, from raw sequencing through to annotated cell atlases ➤ Develop, benchmark, and validate machine-learning models linking cellular molecular states to disease status and clinical phenotype ➤ Apply models to large public single-cell atlases and validate predictions against orthogonal evidence ➤ Perform differential expression, cell-state, and pathway analyses, and interpret results in a disease context ➤ Collaborate with an interdisciplinary team of experimental biologists, clinicians, and computational scientists ➤ Document analysis pipelines, ensure reproducibility, and contribute to peer-reviewed publications Conditions: • Full-time position • 2–3 year fixed-term contract • Location: MBZUAI, Abu Dhabi, UAE • Competitive salary and benefits package • Access to world-class datasets and computational resources • Opportunity to contribute to pioneering, high-impact research • Collaborative and supportive research environment 🛫 Apply now: send your CV, a brief cover letter describing your relevant experience, and contact information for two references to alla.mikheenko@mbzuai.ac.ae 🔗 More details on our website: blastim.ru/job/15924/ #бластим_вакансии

Бластим утомился и отчаливает в отпуск — в круиз на Южный полюс Однажды в зоопарке мужчину за палец укусил пингвин, и он заразился «пингвинитом». Это опасное заболевание выражается в постоянных мыслях о пингвинах и острых приступах любви к милым птицам. Тем человеком был Линус Торвальдс, который выбрал маскотом созданной им ОС Linux пингвина по имени Tux, объевшегося селедкой🥸 Мы тоже обожаем нелетающих пернатых. Поэтому в последний летний уикенд, 29–30 августа, отправляемся в экспресс-путешествие по Linux. За штурвалом — капитан Андрей Томаровский, к.б.н., специалист в области геномики животных и опытный сисадмин. Почему зовем с нами? Большинство биоинформатического софта написано для командной строки Линукс. На серверах, кластерах и суперкомпьютерах — везде Линукс. Анализировать тяжелые NGS-данные в графическом интерфейсе с кнопочками и окошечками не получается. В ворде или блокноте вы не откроете файл с геномом человека, потому что компьютер просто зависнет. А с помощью консольных программ с Big Data работается удобно и автоматизированно. За два дня Андрей даст жизненно необходимую IT-базу для начинающих биоинформатиков: 🐧 философия Линукс, ключевые команды, хоткеи 🐧 файловая система, пути, права доступа 🐧 взаимодействие с сервером по SSH 🐧 потоки данных, пайплайны 🐧 синтаксис Bash: переменные, условия, циклы и скрипты 🐧 процессы, мониторинг, параллельные вычисления 🐧 работа с текстом, регулярки, nano, vim 🐧 виртуальные окружения, tmux 🚢 Билеты в круиз: agency.blastim.ru/expresslinux Приятный бонус: если после мини-интенсива вы решите продолжить обучение и зарегистрируетесь на большой курс «Анализ NGS-данных», вы получите дополнительную скидку в размере стоимости интенсива (4 900 руб.)

▶️ Продолжаем разбираться в основах секвенирования Второе занятие недели бесплатного предобучения по курсу «Анализ NGS-данных уже доступно! На этот раз говорим об основных методах: какие платформы существуют, чем они отличаются друг от друга и какие ошибки характерны для разных приборов. И обязательно сделайте ДЗ. Так вы не просто посмотрите очередной видосик, а сможете проверить себя и закрепить материал. Вопросы для самоконтроля: Что такое UMI? Что такое base calling? В какой технологии секвенирования используется мостиковая ПЦР? А в какой работает метод катящегося кольца? В чем отличие технологий секвенирования 2-го и 3-го поколения? Как рассчитывается покрытие генома? Какие основные этапы включает NGS-пайплайн? Напоминаем, чтобы получить доступ к урокам, нужно зарегистрироваться в личном кабинете: https://agency.blastim.ru Приятного просмотра!

🔈 Бесплатные занятия по NGS До старта нашего флагманского курса «Анализ NGS-данных» осталось 2 недели, и мы открываем подготовительные уроки для всех желающих! Эти материалы смело можно отнести к мастхэв современной науки, особенно если вы работаете с генетическими данными или интересуетесь биоинформатикой. Минимум академической пыли, максимум того, что пригодится на практике: • познакомитесь с QC и критериями, которые помогут быстро понять, стоит ли продолжать работу с ДНК или библиотекой • заглянете в мир Oxford Nanopore • освежите знания или освоите основы Python и R, без которых анализ данных становится все менее удобным • получите задания, чтобы не просто посмотреть видео, а сразу проверить, что удалось усвоить Для доступа нужно зарегистрироваться в личном кабинете: https://agency.blastim.ru Увидимся завтра 🥰

Клинтриалы в России: онлайн-встреча завершилась, но разговор продолжается Сегодняшний вебинар получился очень насыщенным — обсудили много вопросов, но, конечно, осталось еще немало интригующих тем. И теперь нам хочется вернуться к одному из моментов, который не всегда становится предметом открытого обсуждения: ❓ Сталкивались ли вы со скепсисом в отношении клинических исследований в России? С тем, что отечественным центрам заранее приписывают более низкое качество и воспринимают их как менее подготовленные по сравнению с зарубежными? Но насколько это действительно так? Отвечает Михаил Камха, преподаватель программы ДПО по системе менеджмента от ФББ МГУ: Коллеги, позвольте задать вам принципиальный вопрос, который часто обсуждается в профессиональном сообществе. Неужели мы, наши врачи и наши научные школы чем-то хуже наших коллег в США, Европе или Китае? Безусловно, нет. Уровень нашей клинической мысли и медицинской экспертизы находится на высочайшем мировом уровне. Однако если мы говорим об управленческих подходах к качеству клинических исследований, здесь нам предстоит сократить определенный разрыв. Мировая практика уже совершила переход от реактивного подхода — постоянного «тушения пожаров», в котором мы порой застреваем, — к проактивной философии Quality by Design и риск-ориентированному управлению. В российском контексте этот вызов имеет свою специфику. Мы активно используем данные из различных медицинских информационных систем в качестве первичной документации. Но как отмечается в современных аналитических обзорах, отсутствие их формальной валидации по стандартам GAMP 5 создает скрытые регуляторные риски и ставит под вопрос соответствие данных принципам ALCOA+ при международных инспекциях. Это не приговор. Это точка роста. А обновленные правила GCP ЕАЭС и гармонизация с ICH E6(R3) дают нам четкий вектор. На нашем курсе я предлагаю вам не просто теорию, а практическую дорожную карту. Мы разберем, как адаптировать международные стандарты ISO и GAMP 5 к российским реалиям, чтобы ваши исследовательские центры не просто соответствовали требованиям, а задавали стандарты качества для всего евразийского пространства и рынков БРИКС. От обилия новых терминов закружилась голова? Понимаем вас! На этот случай Бластим вместе с Михаилом Камха подготовили гайд «20 красных флагов исследовательского центра», где мы расшифровали бюрократические аббревиатуры и снабдили сложные концепции неформальными пояснениями. Забрать материалы от спикера можно, заполнив форму на сайте: ссылка

🍬 Голая правда про управление качеством в клинтриалс RBQM, CtQ, QTL, KPI, KQI и ALCOA+ — для одних страшный набор букв, а для других — работа, от которой зависит, дойдет ли новый препарат до пациентов. Сегодня в прямом эфире Михаил Камха, преподаватель Передовой инженерной школы МГУ, честно расскажет, как обстоят дела с организацией клинических исследований в российских центрах: что работает, где слабые места и почему привычные подходы нужно менять. А заодно объяснит, какая магия скрывается за сложными терминами и почему без них современная фарма уже не обходится. Начинаем уже в 13:00 мск Каждый зарегистрировавшийся участник получит гайд «20 красных флагов исследовательского центра» от спикера 🤖 Быстрая запись в боте: https://t.me/fbbmsu_bot 🔗 Или на сайте: https://agency.blastim.ru/qms

АНТОН ТИХОНОВ. БОЛЬШОЕ ИНТЕРВЬЮ 💊💊💊 Готово ли человечество к эпидемии хантавируса? Пророчества Бориса Черного сбываются в фарме? Как Брайан Джонсон прошляпил аутоиммунку? Чем ЗОЖ отличается от лонжевити? Почему давление — это классная штука? В июле Вита Степанова встретилась с добрым другом Бластима и опытным экспертом в области RnD лекарств Антоном Тихоновым из «Петровакса». Разговор зашел о самых горячих темах последних лет: Клод Коде и Оземпике, продлении жизни и фармлобби, молекулярных клеях и даже Трое. ➡️ Только на нашем сайте: https://agency.blastim.ru/media/tpost/g82bcv8hb1-intervyu-s-antonom-tihonovim Читайте. Комментируйте. Делитесь #про_карьеру_по_субботам

Индустрия дизайна детей в 2026 году 🗓 Вторник, 25 августа, 20:00 МСК 🎤 Марина Уткина Пока общество спорит, допустимы ли такие технологии с этической точки зрения, услуга уже продаётся. Несколько американских компаний предлагают парам, проходящим ЭКО, ранжировать эмбрионы не только по риску наследственных заболеваний, но и по прогнозируемому интеллекту, росту и продолжительности жизни. На лекции разберём: • полигенный отбор эмбрионов и его реальные возможности; • генетику интеллекта и ограничения генетических прогнозов; • редактирование генома человека; • ПГТ-А, ПГТ-М и ПГТ-P: чем медицинское тестирование отличается от отбора по желаемым признакам; • компании, уже продающие подобные услуги: их продукты, цены и инвесторы; • получение яйцеклеток и сперматозоидов из стволовых клеток и то, как эта технология может изменить репродукцию; • регулирование технологии в США и Великобритании; • происхождение используемых клеток, законодательные ограничения и реальную стоимость процедур. Главный вопрос лекции: где заканчивается доказательная медицина и начинается индустрия обещаний? 🔗 Подключайтесь по ссылке