Бластим: курсы и работа в биотехе 🕘 история названий (1)

ИИнтерпретация: любим, умеем, практикуем? 🤖 Пока вы спали, искусственный интеллект проник в клиническую биоинформатику и медгенетику. Например, инструмент на базе сверточной нейросети DeepVariant от Google прекрасно коллит варианты, гугловский же алгоритм AlphaMissense прогнозирует патогенность миссенс-замен, SpliceAI от компании Illumina предсказывает влияние на сплайсинг, а ансамблевые модели REVEL и CADD агрегируют разные оценки или аннотации. Благодать-то какая! Уж не отправит ли ИИ на свалку истории и профессию клинического интерпретатора?! Давайте узнаем, что думают о такой перспективе преподаватели курса «NGS в наследственных заболеваниях» с высоты своего многолетнего опыта. Вот их мнение. Автоматизированные системы — с ИИ или без — действительно могут неплохо справляться с простыми клиническими кейсами. Когда у пациента четкий и понятный диагноз, автоматика однозначно выявляет патогенный вариант и генерирует стандартное описание для отчета. В таких сценариях участие человека сводится к минимуму. Но как быть с остальными... 99% случаев? И тут, Хьюстон, у нас проблемы. ✍️ Во-первых, анализ анамнеза пациента. Невероятно, но автоматическим системам до сих пор трудно распознавать рукописные врачебные выписки с неидеальным почерком. К тому же при большом и разнородном объеме клинических данных ИИ не всегда способен правильно вычленить главное или заметить мимолетную деталь, упомянутую вскользь, но служащую ключом к разгадке. 🔎 Во-вторых, поиск вариантов, генов, заболеваний или их ассоциаций по статьям, базам данных и прочим источникам. Собирать по крупицам информацию — занятие крайне запутанное и хаотичное. Особенно с сегодняшними блокировками, когда нужно искать обходные пути, чтобы банально зайти на какой-нибудь сайт. ☯️ В-третьих, разрешение противоречий. Это, пожалуй, главный челлендж для искусственного разума. Постоянно складываются ситуации, когда в одной базе данных или публикации написано одно, а в другой — совершенно другое, либо вариант аннотирован программой одним образом, а интерпретатор при просмотре сырых данных секвенирования видит иной эффект. Возможно ли обучить модели корректно разруливать конфликты — открытый вопрос. Да и сама область — еще очень молодая, и даже трактовки известных руководств могут варьироваться от лаборатории к лаборатории. ❓ В-четвертых, биоинформатические артефакты. Компьютер отфильтровывает далеко не всё, остальные варианты специалист вынужден перепроверять визуально. При серьезных сомнениях в качестве данных интерпретаторы в заключении честно пишут: «Необходима проверка референсным методом». Таким образом, интерпретация — это тонкая аналитическая работа, пока, кажется, далекая от полной автоматизации. А как вы считаете? Готовы доверить суперинтеллекту изучение геномов и даже постановку диагнозов? Пишите в комментариях! P.S. Всех ребят, кто, как и наши лекторы, пока не видит, как полностью перепоручить ИИ классификацию генетических вариантов, зовем на курс по КлинNGS: сегодня до 23:59 мск — по цене без повышения. Перейти на сайт

🥇 НОБЕЛЕВСКАЯ КЛИННГСОВСКАЯ НЕДЕЛЯ ПОДХОДИТ К КОНЦУ Как мы уже поняли за последние 7 дней, на нобелевку NGS все смотрят как на что-то супер-пуперское. Но на самом деле можно, а иногда и нужно, обойтись и без этого — о чем мы говорили на эфире в пятницу. Чтобы проверить, что запомнилось, мы подготовили два небольших испытания: 📝 Контрольная по вебинару: 10 вопросов разной сложности про MLPA, кариотип, фрагментный анализ и не только 👅 Факультатив по сленгу: узнайте, понимаете ли вы язык клинических интерпретаторов 🔗 Пройти можно по ссылке: https://agency.blastim.ru/clinical-ngs-test / 3 минуты / конспект вебинара Без математики, обещаем 😌 как и нобелевская премия)

Тройка, семерка, туз? Пффф. У нас другая выигрышная комбинация 13.10.2026 19:00 Пиковая дама не придет, зато будет Герман из Бластим Ждем всех на открытом вебинаре в формате «вопрос–ответ», где разберем все, что вы хотели узнать о курсе «NGS в наследственных заболеваниях», но стеснялись забыли спросить. Например: ♠️ Что внутри программы? ♠️ Чем курс отличается от других по анализу NGS-данных? ♠️ Как проходит обучение? ♠️ Какие есть тарифы и варианты участия? Приходите со всеми своими сомнениями, вопросами и даже просто поболтать! У встречи будет и практическая выгода: участники получат специальный промокод на обучение и другие приятности. 📌 13 октября в 19:00 мск 🔗 Регистрация в боте: https://t.me/BlastimWeb_bot На сайте: https://agency.blastim.ru/ngs_genome#q&a Хватит гадать по результатам NGS

НАСТУПАЕМ NGS НА ПЯТКИ🦶 Сегодня в 19:00 мск встречаемся в прямом эфире с нашими клиническими интерпретаторами — Светланой Жикривецкой и Ольгой Капитоновой. Казалось бы, достаточно отправить образец на NGS, а дальше дело за малым: найти поломку и связать ее с симптомами. В реальности же путь к точному ответу далеко не всегда оказывается коротким, а секвенирование — отнюдь не универсальный инструмент. Расскажем, в каких случаях обходятся вовсе без молекулярно-генетических тестов и что выручает, если NGS бессилен: фрагментный анализ, MLPA, кариотипирование, FISH, Hi-C и технологии длинных прочтений. Обсудим, почему выбор подхода диктует цель исследования, а не мода на технологии. Отдельный блок посвятим ПГТ-М: как его выполняют, почему крошечное количество материала требует особой осторожности, что такое косвенная диагностика по сцепленным маркерам и стоит ли дополнительно назначать ПГТ-А Не планируйте смотреть в записи, ее не будет — мы ждем всех живьем! ⚡⚡⚡ Регистрация по ссылке в боте: @BlastimWeb_bot | На сайте: https://agency.blastim.ru/ngs_genome#medgen

🤔 Где-то это уже видели. Что-то помним. Кажется, даже конспектировали... Так бывает со всем, что мы учили давно: информация в голове есть, но достать ее в нужный момент и связать с новой задачей уже отдельный квест. А открыть старые записи — это вообще приключение. Если бы не почерк, не поверили бы, что писали мы сами. Но есть области, где подход «вроде бы так» практиковать никак нельзя. Например, при интерпретации NGS в клинической практике. Здесь важно не просто узнавать термины, а иметь четкую систему: как рассуждать, что проверять и на что опираться при принятии решений по результатам секвенирования. Именно поэтому наши слушатели курса «NGS в наследственных заболеваниях» часто отмечают, что после занятий информация наконец встает на свои места. Вспоминается то, что проходили когда-то в ординатуре, закрываются пробелы, а теоретические знания получают практический смысл. При этом программа рассчитана не только на тех, кто давно в генетике. Мы выстроили ее так, чтобы дать необходимую базу и постепенно пройти от клинического запроса к результату, объясняя сложные термины и логику «человеческим языком». А дальше можно двигаться настолько глубоко, насколько захочется. Кому-то достаточно систематизации, а кто-то после курса внезапно решает разобраться еще и в программировании. И да, наш курс для занятых специалистов. Мы знаем, что свободные вечера в расписании встречаются примерно так же часто, как идеальный VCF-файл. ✏️ Подробности и регистрация: https://agency.blastim.ru/ngs_genome Отдельное спасибо всем, кто оставляет конструктивные предложения по улучшению наших программ. Благодаря такой обратной связи каждый поток становится точнее, практичнее и полезнее для будущих участников.

Сломали много копий: CNV и другие структурные варианты в эпоху NGS Продолжаем разговор о рутине клинического интерпретатора. Чаще всего от биоинформатиков прилетают две таблички. Первая — с SNV и инделами, с ней всё ясно-понятно. Вторая — со структурными вариантами, а это история куда менее очевидная. По определению к структурным вариантам (SV) относят любые изменения не менее 50 bp. Прежде всего, конечно, все вспоминают о CNV. Это вариации числа копий, то есть делеции или дупликации. Также к группе принадлежат инверсии, инсерции, транслокации и всякие умопомрачительные комплексные перестройки. Так, в 2020 году описали экстремально запутанную штуку с семью хромосомами и 49 точками разрыва. Причем у здорового человека!  Структурные варианты встречаются реже, чем SNP и индели, но благодаря своему размеру затрагивают значительно бо́льшую часть генома и могут иметь более серьезные последствия для фенотипа. Так, SV связывают с нарушениями нейропсихического развития. Давно известны микроделеционные синдромы — Ангельмана, Ди Джорджи, Смит–Магенис. Традиционно для обнаружения и подтверждения SV используют такие молекулярно-генетические техники, как aCGH, MLPA, qPCR, FISH. NGS же не считается референсным методом из-за ограничений, вызванных короткими ридами. Но алгоритмы для коллинга CNV и даже других структурных вариантов в данных высокопроизводительного секвенирования существуют и работают. Тут надо упомянуть четыре биоинформатические идеи: 1. Покрытие. В основе — очевидная мысль, что систематическое падение/рост покрытия может указывать на делецию/дупликацию. При наличии выборки контрольных образцов (что снижает техническое смещение) для коллинга годится и экзом, хотя достоверность ниже. По покрытию можно ловить только CNV. 2. Сплит-риды. Это когда часть рида картируется на одно место, а второй кусок — на другое. Важно, что невыровненный хвост рида не удаляется из данных, а помечается как софтклип. По сплит-ридам можно находить разные события и устанавливать границы разрыва (breakpoints) с точностью до нуклеотида. 3. Дискордантные пары. По смыслу похоже на сплит-риды, но касается уже двух ридов при парноконцевом секвенировании. В норме пары должны располагаться на определенном расстоянии и быть направлены друг на друга. Если нарушена ориентация прочтений или длина вставки (insert size) отличается от ожидаемой, это указывает на SV. Но места разрывов определяются примерно. 4. Сборка de novo. Наименее популярный метод. Для каждого пациента собирают полный геном. Удовольствие ресурсоемкое и неудобное на коротких ридах. Однако ситуацию способны улучшить длинные риды (lrWGS), особенно в локусах с повторами. Уже сейчас нанопоровое секвенирование применяется, скажем, для поиска транслокаций при онкогематологических заболеваниях в НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева, о чем рассказали спикеры на прошлом вебинаре. Программы для коллинга SV обычно комбинируют четыре стратегии, однако результаты разных тулов могут не пересекаться, а золотых стандартов нет. Инструменты пропускают мутации, ошибаются в границах, могут разделить один крупный вариант на несколько мелких. Если даже умные алгоритмы не справляются, то интерпретатору что прикажете? Вообще, для структурных вариантов обязательна визуальная перепроверка в IGV, где можно настроить удобный просмотр софтклипов, парных ридов и многое другое. Что касается таблицы с вариантами — об этом подробно на курсе. Чему доверять, какие колонки аннотаций наиболее важны, в каких базах данных искать дополнительную информацию, что такое полуколичественная система оценки ACMG, как правильно именовать варианты по цитогенетической и HGVS-номенклатуре — всё это методично разбирает Светлана Жикривецкая. Если вас интересует тема и есть вопросы, добро пожаловать в эту пятницу на вебинар 🧬

9 октября в 19:00 мск приглашаем на второй бесплатный вебинар от преподавателей курса «NGS в наследственных заболеваниях» На встрече рассмотрим широкий спектр методов, которые можно использовать вместо NGS. Разберем, какие подходы применяют в диагностике моногенных заболеваний, когда обходятся без секвенирования и как работают с ограничениями разных тестов. Отдельно остановимся на ПГТ-М (преимплантационном генетическом тестировании на моногенные заболевания): как его проводят, что такое косвенная диагностика и в каких случаях после ПГТ-М действительно нужно ПГТ-А (преимплантационное генетическое тестирование на анеуплоидии). Спикеры: Светлана Жикривецкая — интерпретатор с большим опытом, старший аналитик «Биотехнологического кампуса» Ольга Капитонова — клинический интерпретатор НМИЦ АГП им. В. И. Кулакова Регистрация по ссылке в боте: @BlastimWeb_bot | На сайте: https://agency.blastim.ru/ngs_genome#medgen

🔔 Приглашаем на Мультиконференцию и выставку Диаэм 28 октября в Москве пройдет IX Мультиконференция и выставкаа «Life sciences, биотехнологии и аналитическая химия в современных условиях. Новые возможности!». Что будет: → масштабная экспозиция приборов и доклады ведущих ученых → лекции и мастер-классы в специализированных секциях → широкий спектр направлений, в т.ч NGS и цифровая ПЦР, хроматография и биотехнологии, микробиология и клеточный анализ, и др. Участие бесплатное по предварительной регистрации здесь. Отель Лотте, Новинский б-р, 8 #бластим_рекомендует

🎮 КРУТИТЕ БАРАБАН: ТРИ ИГРЫ ПО КЛИННГС Мы всегда говорили, что знания и интеллект стоят денег. Сегодня дарим подарки за правильные ответы. Попробуйте потягаться с преподавателями курса «NGS в наследственных заболеваниях»? Дарья Хмелькова, Светлана Жикривецкая и Ольга Капитонова подготовили для вас три игры — три клинворда, в которых спрятали вопросы по медицинской генетике, биоинформатике и интерпретации. 1⃣ уровень вас ждет японский сканворд с 10 вопросами. Ответив, увидите спрятанную картинку. 2⃣ уровень — полноценный кроссворд на 21 термин из генетики и NGS. Здесь уже придется знатно напрячь память. 3⃣ уровень — хардкор, где вас ждут 17 понятий для настоящих знатоков. На каждом этапе мы зашифровали промокоды, и чем дальше пройдете, тем приятнее награда. ЗАПУСТИТЬ ИГРУ ЗАПУСТИТЬ ИГРУ ЗАПУСТИТЬ ИГРУ Легко не будет, обещаем

Насколько вы настойчивы? Я видел конец таблицы Excel Сегодня поговорим о работе клинического интерпретатора. Как она устроена? В самом общем виде так: есть анамнез пациента и таблица с вариантами — тысячи строк отличий от референсного генома и десятки колонок с аннотациями. Листаешь, и не видать конца и края. А тебе нужно как-то отыскать причину болезни. Какого алгоритма придерживаться? Как настроить фильтры? Стоит ли сразу отсеивать по качеству? Что делать, если заболевание рецессивное, а у тебя только гетерозигота? Как быть, если после долгих часов так ничего и не нашлось? Универсальных ответов здесь почти нет, а на каждый аргумент есть десять «но». Поэтому Бластим проводит курс «NGS в наследственных заболеваниях». Эксперты не только дадут теорию, но и поделятся своими уникальными наработками, а также покажут логику решения кейсов — от простых до самых детективных. Смотрите подробную программу на карточках! Напоминаем, что до 23:59 мск 4 октября можно приобрести тариф «КлинМентор» по цене раннего бронирования. После этого грядет подорожание. Если вы давно хотели прокачаться в интерпретации, перенять опыт у ведущих экспертов, а также получить официальное удостоверение, то ждем вас на обучении